Готовое сырье состоит из облиственных стеблей длиной до 45 см, без грубых нижних частей, с цветками разной степени развития. Запах отсутствует, жгучий вкус теряется.
Трава горца перечного содержит флавоноиды, дубильные вещества, гликозид полигопиперин, эфирное масло, органические кислоты, витамины С, К, A, D, Е, а также различные неорганические соли.
Растение издавна славилось как ранозаживляющее средство, а знаменитый врач средневековья Парацельс использовал его свежую траву в качестве горчичников.
В народной медицине горец перечный используют при поносах, малярии и при некоторых кожных заболеваниях. Его препараты уменьшают проницаемость сосудов и повышают свертываемость крови.
В научной медицине горец перечней применяют в виде экстрактов или настоев как кровоостанавливающее средство, главным образом при маточных и геморроидальных кровотечениях.
Настои готовят из расчета 2 столовые ложки измельченной травы на стакан воды. Принимают по 1 столовой ложке 3—4 раза в день до еды.
Медицинской промышленностью выпускается экстракт горца перечного жидкий.
Препараты водяного перца применяют только по назначению врача.